ColoNET: A Systems Biology Approach for Integrating Molecular Diagnostics and Targeted Therapy in Colorectal Cancer

Ziel des COLONET Projekts ist die Erzeugung eines In-Silico Netzwerks aller genetischen und epigenetischen Prozesse und Signalwege in kolorektalen Karzinomen mit dem Ziel, verbesserte Ansätze zur Behandlungsplanung mit Tyrosinkinase-Hemmern zu ermöglichen. Das Teilprojekt Prof. Leser entwickelt eine Software zur semi-automatischen Abschätzung der Vorhersagekraft von Biomarkern für die Diagnose kolorektaler Tumore. Für das Ranking werden Daten aus einer Vielzahl von Quellen beachtet: (1) Informationen, die automatisch aus wissenschaftlichen Artikeln extrahiert werden, (2) systembiologische Modelle, insbesondere Pathways, die im Projekt erstellt (WP4/8) oder aus externen Quellen bezogen werden (WP1), (3) experimentelle Daten, die ebenfalls im Projekt erstellt (WP9), aus externen Quellen bezogen (WP1) oder aus vorherigen Arbeiten der Projektpartner verfügbar sind, und (4) Hintergrunddaten über biologische Entitäten und deren Eigenschaften, wie Gene, Proteine, Antikörper, Rezeptoren, Wirkstoffe etc.