Control and catalysis of the chemical ligation of PNA conjugates by oligonucleotide templates I

Peptidnucleinsäuren (PNA) biostabile DNA-Analoga, die mit hoher Affinität und Selektiviät komplementäre DNA und RNA binden werden mit reaktiven Gruppen ausgestattet. In Gegenwart eines DNA-Templats mit komplementärer Basensequenz bildet sich ein ternärer Komplex. Eine intermolekulare Reaktion verläuft dadurch intramolekular und wird beschleunigt. Die Bildung des Verknüpfungsprodukts ist ein Indikator für die Anwesenheit einer bestimmten DNA-Sequenz. Es wird überprüft, ob die Verknüpfungsreaktion geeignet ist, schwer detektierbare Einzelbasenmutationen (SNPs) in PCR-amplifizierter DNA nachzuweisen. Am Modell DNA-gesteuerter Reaktionen wird untersucht, welche Voraussetzungen nötig sind, damit ein Templat katalytisch wirksam wird. Eine Katalyse sollte gelingen, wenn die Endprodukte der Verknüpfungsreaktion eine andere Bindungsgeometrie aufweisen als die vom Templat gebundenen Zwischenprodukte. Zur bequemen Detektion der Verknüpfung wird ein Testsystem auf Basis des Fluoreszenz-Resonanz-Energie-Transfer (FRET) entwickelt.