Humboldt-Universität zu Berlin

• 1854 Privatdozent in Bonn

  1856 ao. Professor für klassische Philologie in Breslau

  1858 Professor in Freiburg im Breisgau

  1862 Mitglied der Wiener Akademie

  1874 Professor für klassische Philologie in Berlin

Rektor der Friedrich-Wilhelms-Universität zu Berlin 1886/87

Johannes Vahlen war sowohl als Latinist wie auch als Gräzist bedeutend. Sein Studium absolvierte Johannes Vahlen ab 1848 in Bonn, wo er 1852 promoviert wurde. In seiner Bonner Zeit wurde er stark von seinen Lehrern Friedrich Wilhelm Ritschl, bei dem auch Nietzsche später studieren sollte, und Friedrich Gottlieb Welcker beeinflusst. Nach seiner Habilitation ging Vahlen 1856 zunächst als außerordentlicher Professor nach Breslau, bevor er zwei Jahre darauf auf einen Lehrstuhl in Freiburg im Breisgau berufen wurde. Noch im selben Jahr nahm er einen Ruf nach Wien an, um schließlich 1874 in Berlin seine Stelle als Professor für klassische Philologie anzutreten. Zum Antritt seines Rektorats im Oktober 1886 sprach er in seiner Rektoratsrede "Über den philologischen Sinn".

In den zeitgenössischen Diskussionen um die Ausrichtung der Altertumswissenschaft (Streit der "Worte" und "Sachen") folgte Vahlen der Konzeption einer umfassenden Altertumswissenschaft im Sinne von Wolf, Boeckh, Welcker und Ritschl. In seinen Vorlesungen und Seminaren, in denen er stets auf die gewissenhafte Behandlung des jeweiligen Sprachgebrauchs bestand, widmete er sich in erster Linie den Schriftwerken einzelner Autoren. Zu der in dieser Zeit um sich greifenden freien Textinterpretation, der Konjekturalphilologie, stand er in entschiedener Gegnerschaft.

Vahlen verantwortete eine große Zahl bedeutender kritischer Editionen einzelner antiker Autoren, wie z. B. des Aristoteles, des Horaz, der Elegiker, des Catull. Besondere Verdienste erwarb er sich um die Wiedergewinnung der Poesie des großen römischen Dichters Ennius, indem er erhaltene Bruchstücke aus dessen Werken sammelte und kritisch edierte ("Ennianae poesis reliquiae", 1854, Nachdruck 1967).

Johannes Vahlen ist der Vater des Pharmakologen Ernst Heinrich Vahlen und des Mathematikers und Politikers Theodor Vahlen.